بين الحين والآخر، يصدر الشيخ محمد أبو بكر فتاوى مثيرة للجدل سواء عبر صفحته على "فيسبوك" أو من خلال البرامج التلفزيونية، والتي كان آخرها تحريم تربية القطط.